Quando sembrava che la conclusione della battaglia per la terra, avesse riportato uno spiraglio di pace, Starscream, ritornato a Cybertron per prendere il comando dei Decepticon, decide di tornare indietro per stabilire quali saranno le sorti dell'intero universo. Gli Autobot dovranno così prepararsi ad affrontare la nuova minaccia oltre che preoccuparsi di Megatron, dato ormai per morto, ma riportato in vita da Skorpinox...